Prace polegające na wykonaniu przeciwwilgociowej pionowej izolacji fundamentów w części południowej i wschodniej kościoła stanowiły kontynuację prac izolacyjnych rozpoczętych w 2017 roku wzdłuż ściany północnej i zachodniej. W pierwszym etapie przystąpiono do wykonania robót od strony ulicy Lawendowej (elewacja wschodnia kościoła), a kolejno od strony ulicy Świętojańskiej. Po rozebraniu nawierzchni chodnika i odkopaniu fundamentów oczyszczono i zdezynfekowano powierzchnię muru, a następnie uzupełniono ubytki spoinowania, cegieł i kamienia. Na tak przygotowaną powierzchnię naniesiono warstwy izolacji. Wykopy zostały zasypane materiałem żwirowo-piaskowym, a wzdłuż murów kościoła ułożona została nowa kostka kamienna. Obecnie fundamenty kościoła posiadają izolację przeciwwilgociową po obwodzie i są chronione przy zastosowaniu jednolitej metody izolacji.

Prace zrealizowano przy pomocy dotacji Gminy Miasta Gdańska oraz Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.