W 2023 r. w kaplicy św. Józefa udało się zrealizować dwa duże projekty konserwatorskie. Pierwszy obejmował konserwację ścian i sklepienia wraz z zachowanym gotyckim malowidłem Scala Salutis. Drugi objął renowację ołtarza św. Józefa.
Ołtarz ten położony w gotyckiej kaplicy św. Józefa jest obok ołtarza głównego najstarszym zachowanym tego typu obiektem w kościele św. Mikołaja – powstałym już w 1. połowie XVII wieku.
Konserwacja ołtarza polegała na starannym oczyszczeniu powierzchni z kurzu i zabrudzeń, dezynfekcji, zabezpieczeniu uszkodzonych warstw malarskich, nasyceniu obiektu środkiem owadobójczym, usunięciu wierzchnich warstw przemalowań olejnych i wtórnych złoceń, naprawy ubytków drewna, uzupełnieniu warstw polichromii i złoceń.
Przy okazji realizacji tego projektu w centralnym miejscu ołtarza udało się przywrócić obraz z przedstawieniem św. Józefa trzymającego na rękach Jezusa.

Prace konserwatorskie prowadzone były w ramach projektu pn. „Zabezpieczenie dziedzictwa sakralnego. Konserwacja ołtarza św. Józefa z kościoła św. Mikołaja w Gdańsku”.

Prace zrealizowano w partnerstwie z Fundacją PZU.