Wykonano rekonstrukcję brakującego herbu oraz symetrycznie umieszczonych po bokach pęków owoców […]
Epitafium wykonane zostało jeszcze za życia fundatora w 1663 r. przez gdańskiego rzeźbiarza Hansa Caspara Gockhellera. Poświęcone jest pamięci lekarza gdańskiego Jana Schefflera. Wykonane ono zostało z czarnego wapienia z alabastrową dekoracją rzeźbiarską. W centralnej części epitafium znajduje się zagłębiona prostokątna płycina, wypełniona złoconą inskrypcją, w dolnym jej polu widnieje okrągły kartusz wraz z herbem. W górnej części epitafium wykonany został wklęsły medalion z alabastrowym popiersiem zmarłego. Nad nim, w półokrągłym naczółku widnieje rzeźba feniksa, również wykonana z alabastru.
Tekst inskrypcji ma następujące tłumaczenie: „Poświęcone Bogu Najlepszemu Największemu. Dokądkolwiek się zwracamy, wszystko niepewne, jedynie śmierć pewna i jej ostateczny kres, wieczność. Tam zmierzamy, tam gonimy, tam jesteśmy porywani, wszyscy razem i każdy z osobna. Pomny tego kresu, a jeszcze za życia, wolny od strachu Johann Ernest Scheffler, doktor medycyny, lekarz Jego Królewskiej Mości, ojczyzny i tego miasta fizyk ordynaryjny, ten pomnik, aby po śmierci złożyć w nim doczesne szczątki, z myślą o zbawieniu, którego oczekuje i którym żyje, dla siebie za życia wystawił w 1663 r. Zmiłuj się, miłosierny Boże. Pomódl się i ty, który to widzisz i czytasz”. Szerzej zakrojone prace konserwatorskie przy epitafium prowadzone były w latach 1986-1987. Natomiast w 2011 r. wykonano rekonstrukcję brakującego herbu oraz symetrycznie umieszczonych po bokach pęków owoców. Elementy te wykonano z materiału imitującego alabaster. W 2020 r. przy okazji prac konserwatorskich przy podniebiu empory chóru wokół epitafium wykonano brakujący cień.
Prace w 2011 r. zrealizowano przy wsparciu Naczelnej Izby Aptekarskiej w Warszawie.