Renowacja okien polegała na usunięciu starych niewłaściwych napraw w laskowaniach, maswerkach i ościeżach okien, usunięciu zwietrzałej spoiny oraz zdezintegrowanych partii tynku w glifach okiennych, wzmocnieniu osłabionej struktury cegieł i tynku w ościeżach, scaleniu spękanych segmentów laskowania, oczyszczeniu powierzchni laskowań, maswerków.

Renowacja 13 okien w nawie północnej i południowej kościoła (6 okien od północy i 7 od południa wraz z oknem zachodnim) trwała od 2008 do 2011 roku. Duża powierzchnia okien, wynikający z niej zakres i koszt prac uwarunkowały podział prac na etapy. Renowacja okien polegała na usunięciu starych niewłaściwych napraw w laskowaniach, maswerkach i ościeżach okien, usunięciu zwietrzałej spoiny oraz zdezintegrowanych partii tynku w glifach okiennych, wzmocnieniu osłabionej struktury cegieł i tynku w ościeżach, scaleniu spękanych segmentów laskowania, oczyszczeniu powierzchni laskowań, maswerków. Wykonano także niezbędne uzupełnienia ubytków w cegle, spoinie i tynku oraz oczyszczenie i zabezpieczenie powierzchni elementów metalowych (szprosy, płaskowniki).

Istniejące tafle szkła zastąpiono szkłem bezbarwnym, półprzeziernym „altdeutsch”. Wykonano także renowację parapetów kamiennych i ceglanych. Jako zabieg końcowy wykonane zostały miejscowe scalenia kolorystyczne wykonanych uzupełnień oraz naprawa rynienek zbierających wodę skraplającą się na szybach okien.

Prace zrealizowano przy pomocy dotacji Gminy Miasta Gdańska oraz Samorządu Województwa Pomorskiego.